Il exerça également les fonctions de secrétaire à l'Agriculture (1933 - 1940) et de secrétaire au Commerce (1945 - 1946).
En raison de ses convictions jugées trop progressistes, Wallace avait été écarté de l'administration d'Harry Truman (dont il critiquera la doctrine) en 1946.
Il se présenta comme candidat du Parti progressiste à l'élection présidentielle de 1948.
Créé après 1946 et sans lien direct avec les deux partis américains homonymes, le troisième Parti progressiste devait son nom à ses idées très avancées, telles que le pacifisme (alors que débutait de la Guerre froide), la revendication d'un salaire minimum et d'une couverture médicale universelle ou encore l'abolition de la ségrégation raciale.
En pleine période maccarthiste, le soutien des communistes à la candidature de Wallace lui fut préjudiciable : il remporta moins de 3% du vote populaire, près de la moitié de ses voix provenant du seul État de New-York[3]. Par la suite, Wallace prit ses distances avec le parti, qu'il quitta par anticommunisme à l'époque de la Guerre de Corée.
Plusieurs écrits de Wallace ont été traduits en italien pendant le régime fasciste, dans l'effort de démontrer que l'interventionnisme de Roosevelt avait quelque chose en commun avec le corporatisme fasciste. Mussolini lui-meme écrivit un compte-rendu de "Che cosa vuole l'America?" par Wallace dans le journal du parti fasciste, Il popolo d'Italia.
Henry Wallace est le fondateur du semencier Pioneer en 1926.
